福田口岸站位于國花路與福田保稅區一號通道交叉口西南側，沿福田保稅區一號通道東西向布置。車站為地下三層三跨島式站臺鋼筋混凝土箱形框架結構，共計出入口4個：E口、C口、D1口、D2口。

其中，C口接地鐵4號線福田口岸站；D2口接菩提路北側；D1口接桂花路北側；E口接菩提路銀泰苑小區。